Az EU természeti állapotáról nemrég publikált tanulmány szerint az élőhelytípusok védelmének helyzete lényegesen rosszabb, mint a veszélyeztetett fajoké. Az EU 27-ek területén ugyanis mindössze az élőhelytípusok 16%-ának állapota ítélhető kedvezőnek, 47%-uk kedvezőtlen, 30%-uk pedig kifejezetten rossz állapotú. Az okok között feltehetőleg a fajok védelmének nagyobb tradíciója, a fajvédelemre fordított erőfeszítések megtérülésének rövidebb időhossza, valamint az élőhelyvédelem komplex jellege a legjelentősebbek. Ugyanakkor az egyes élőhelytípusok ismertségének szintje (~a felmérések száma) is változó: a legkevesebb felmérést a dűne élőhelyeken, míg a legtöbbet a mocsaras és a sziklás (pl. sziklagyep) élőhelyeken végezték. A védelmi státusz trendjeit értékelve, a mocsarak, lápok állnak a legrosszabb helyen: az ilyen élőhelyek csaknem fele hanyatlóban van. Őket követik a különböző füves élőhelyek (csaknem 40%-uk hanyatlóban). Az erdők és az édesvízi élőhelyek általánosságban kedvezőtlen, de stabil állapotúak. 

Összességében, a Natura 2000 hálózat hatása napjainkban kezd mutatkozni. Ugyanakkor a hálózaton belüli természetvédelmi törekvések további erősítése, kiterjesztése szükséges lenne a 2020-ra kitűzött biodiverzitási cél eléréséhez. A következő (2013-2018) időszak eredményei egyértelműen mutatják majd, hogy milyen sikerrel járhatunk ezen a téren.